Conseiller municipal depuis 1989, Jean-Pierre Pernot devient Maire de Méry-sur-Oise en 1995 et met fin à sa carrière professionnelle d’ingénieur commercial pour se consacrer à son mandat. Il a été réélu en 2001 puis en 2003 lors d’élections municipales partielles ainsi qu'en 2008. Il conduit une équipe d'intérêt communal soutenue par les partis de Gauche, les Verts et le Modem.

Député de la 2ème circonscription du Val d’Oise, de 1999 à 2002, en remplacement de Madame Dominique Gillot, nommée Secrétaire d’Etat à la Santé, il participe à la Commissions des Affaires Culturelles, Familiales et Sociales, et à la Commission de la Production et des Echanges.

Adhérent du Parti Socialiste, il rejoint Jean-Pierre Chevènement lors des élections présidentielles de 2002. Adhérent du Pôle Républicain, il a été Président du MRC Val d’Oise.

Il est Président du SIAMMAF (Syndicat Intercommunal d' Assainissement de Méry, Mériel, Auvers et Frépillon).

Depuis 1995, il est l’un des 8 Vice-Présidents du Syndicat des Eaux d’Ile-de-France.
Il a été Président du syndicat intercommunal du SIECUEP, destiné à promouvoir l’aménagement de la Plaine de Pierrelaye.